No hay datos clínicos disponibles en mujeres embarazadas. Sólo se administrará aprotinina durante el embarazo cuando el beneficio potencial justifique el riesgo. En caso de reacciones adversas graves (por ejemplo, reacción anafiláctica, paro cardíaco, etc.) con sus consiguientes medidas terapéuticas, deberá tenerse en cuenta el daño al feto en la evaluación riesgo/beneficio.
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